在《聖劍傳說3 重製版》當中,角色的 Class 2 開始就出現了轉職路線分歧,以致於 Class3 、Class4 的路線也有所不同。Class 2 LV.18 時可以透過瑪娜石轉職、Class 3 則需要轉職道具(???種子;需種植在花盆裡頭,???種子可在劇情裡神獸蘇醒之後於對應迷宮寶箱開出,道具會依照 Class 2 的選擇路線有所變化,請玩家注意)並在瑪那聖域的瑪那女神像進行轉職。
三階職業需要用到四種隨機性種子「???的種子」此次重製版中改為從寶箱、各地/各人最終迷宮的怪物隨機掉落,在早期都可以得到,除了風神獸沒有之外其他地方的神獸地圖都各有一顆。
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